Etelä-Suomen aluehallintovirasto -kirjanpitoyksikön toiminnan rahoitus koostui vuonna 2016 valtiovarainministeriön myöntämästä toimintamenomäärärahasta sekä sosiaali- ja terveysministeriön työsuojelun vastuualueille myöntämästä toimintamenomäärärahasta. Lisäksi toiminnan rahoitus koostui edelliseltä vuodelta siirtyneistä eristä ja nettobudjetoiduista tuloista. Aluehallintoviraston toiminnan rahoituksesta 12  % kertyi maksullisesta palvelutoiminnasta. (Kuvio 1.7.1.).